Más o menos lo dicho por el compañero.
La del 2003 es el modelo que cambió en el 2002:
Novedades con respecto al modelo anterior en el 2002:
Cambios estéticos y algunas modificaciones más.
Se mantiene motor, con ligeras modificaciones, y chasis pero se cambia el carenado frontal (con inspiración en el modelo de 1.000 cc), el deposito de gasolina y el asiento. Además de incorporar ligeras modificaciones en el tarado de las suspensiones.
- Dos relojes digitales, unos de ellos para el reloj (en la esfera del tacómetro) y el otro con odómetro doble.
- Ahora se encienden ambos faros en cortas. (Nota mía: En España esto no sé si es así, pero se puede hacer).
- Nuevo tanque de gasolina de 22 litros.
- Protector de cadena de polipropileno.
- Nuevos retrovisores mas alejados del carenado, pero con los soportes plegables mas finos.
- Intermitentes con anclaje flexible para evitar roturas en los pequeños golpes.
- Tubo de escape realizado en acero inoxidable. (Nota mía: es un tubo lateral, estilo clásico, vamos)
- Maneta de freno con 5 posiciones de regulación (antes solo 4).
- Nuevo protector de latiguillo de freno trasero.
- Rejilla protectora de radiador.
- Tija superior y soportes de manillar pintados en negro.
- Las letras del logotipo “Fazer” en los laterales del carenado, ahora son mas afiladas como en la 1.000 cc.
- A finales de 2002 las ventas de la FZS en Europa eran de mas de 83.000 unidades.
Cambios en el 2003:
Solo cambios de decoración.
- Desaparece el color amarillo y se añade el color rojo.
- Ahora en los laterales del deposito ya no pone Yamaha, sino que aparece el logotipo de la marca, los tres diapasones.
La del 2005:
En el 2004 modelo completamente nuevo con versión carenada y versión naked que pierde el apellido “Fazer”.
Novedades:
- Dos modelos diferentes (pero iguales), con carenado (FZ6-Fazer) y naked (FZ6).
- Motor derivado de la R6 reducido a 98 caballos, anclado al chasis en 5 puntos que hace al motor parte rigida del chasis. Cilindros con tratamiento ceramico para reducir fricciones y consumo de aceite.
- Chasis de aluminio.
- Inyección electrónica.
- Instrumentación completamente digital. Compacta y con mucha información. Dispone de menús de diagnostico con parámetros modificables. El cuentarevoluciones digital es de difícil lectura.
- Doble salida de silenciador por el colin y catalizador de 3 vias.
- Horquilla con barras de 43 mm de diámetro (antes 41mm) sin posibilidad de regulación.(Mismo tamaño que la Fazer 1000). El recorrido pasa de 190mm a 210mm.
- El amortiguador posterior va anclado directamente al basculante sin bieletas y tiene un recorrido de 130mm. (10mm mas que el modelo anterior).
- El basculante se alarga de 516,5mm hasta 590mm. Con esto se consigue que las fuerzas de reacción en la cadena se reduzcan al minimo.
- Doble disco de freno delantero de 298 mm de diámetro. Se abandonan las pinzas de freno monobloque de herencia R1 y se adoptan unas pinzas Nissin mas “normalitas”
- Nuevas medidas de neumáticos. Delante ahora monta 120/70-17 y detrás 180/55-17.
- Las llantas pesan un 20% menos.
- De nuevo solo se enciende un faro en cortas.
- Las mejoras introducidas bajan el peso del modelo en 7 kilos y la distribución de pesos pasa de 49% en la rueda delantera a un 51% respecto del modelo anterior. A esto contribuye la recolocación del motor y el adelantamiento de la bateria.
- La distancia entre ejes se eleva a 1438mm (1415mm en el modelo anterior). El angulo de lanzamiento pasa de 24º a 25º.
- Radio de giro de 2,8 metros.
- Nueva forma del deposito de combustible. Ahora es menos plano.
- Inmovilizador electrónico incorporado en la llave.
- Pantalla rediseñada para reducir las turbulencias y el ruido aerodinamico.
- Una nueva tecnica de aplicación del color maximiza el efecto brillo de la pintura metalizada y da una mayor sensación de profundidad.
- Solo del modelo naked se vendieron del orden de 30.000 unidades anuales en Europa.
Así, en el 2005 sólo son cambios de decoración.
Novedades del 2005:
- En el modelo naked (FZ6) tenemos una nueva decoración en negro. Podemos ver que ahora el chasis, el subchasis, el motor y el basculante están totalmente pintados en negro, dándole un aspecto mas agresivo que antes. El modelo gris cambia de tonalidad y el rojo permanece invariable.
- En el modelo carenado (FZ6 Fazer) tenemos cambios también en la decoración negra, pero solo en cuanto a fibras y llantas, ya que motor, chasis y basculante siguen en aluminio sin pintar. Ahora TODAS las fibras están pintadas en color negro. No veíamos una Fazer vestida de negro desde el 2001. El modelo gris cambia de tonalidad y lleva las llantas pintadas en negro y el azul permanece invariable.
Eso sí, son 20.000 km entre una y otra. Mira mantenimientos, estado...
Estéicamente, la que más te guste.
Yo tengo la S2, y mi consejo, es que si puedes estirarte para la S2, a partir del 2007, mucho mejor, pero claro, depende de las posibilidades que tengas.
De todas formas, ambas son duras y muy buenas mortos. La más antigua, como te dice el compañero, más bajos. Yo siempre, prefiero motos con menos kilómetros, pero depende del estado...
No sé si te ayudamos o complicamos más la decisión

Ánimo y a por una de ellas. Y a disfrutarla.