Buenas.
El error 42 es de "Fallo en la señal de velocidad” y las posibles causas son el “Sensor de velocidad” ó también “Fallo en la Ecu”.
Yo me inclinaría por la primera causa, el sensor de velocidad.
El ABS no te funciona porque el sistema necesita saber la velocidad para actuar y como te falla el sensor...por eso se desconecta el ABS.
Googleando un poco he leido que el sensor en la FZ6 va directamente en el piñon de ataque, pero por otra parte viendo el catalogo de despiece de la S2 puedo ver que en el sistema del ABS hay dos sensores, uno en la rueda trasera y otro en la delantera. Uno de los dos será el encargado de informar de la velocidad para mostrar en el cuadro de instrumentos. No sé cual será, pero normalmente es el delantero.
En definitiva, no sé que sensor será ni donde está, pero es casi seguro que lo que te falla es el sensor de velocidad.
Te sale mejor buscarlo de 2ª mano evidentemente. Para que te hagas una idea aquí tienes un sensor usado de una FZ6-S del 2006 por 70€:
http://www.motosdesguace.com/sensor-velocidad-yamaha-fz6s-p-32249.html
Salu2.
PD: Después de resetear los errores, el error 42 no te volverá a salir a no ser que salgas a dar una vuelta con la moto.