Bueno, entiendo que tienes una S1 (2006) y has comprado unas horquillas tambien de S1 (pero del 2007), entonces todo debe quedar bien y por tanto el hecho del rozar las pastillas puede ser mas un problema de las pastillas/pinzas que del resto, me´splico, al desmontar puede que alguna pastilla se haya desplazado y agarrotado por la suciedad y no retroceda como debe. Sería interesante desmontar las pastillas, limpiar bien la pinza por dentro con un spray limpiador y paciencia. Volver a montar y ver que tal va.
De todas formas las pastillas siempre quedan rozando un "micropelin" (medida estandar del sistema metrico gaditano que corresponde a media "miajilla"

), o sea, que porque haga algo de ruido al girar la rueda con la mano eso tampoco es un problema.